万元的工程款，材料费和劳务费能不能抵扣以及如何抵扣，要分情况去对待：
一、不能抵扣的情况
1、贵公司为小规模纳税人，这种情况下，因为小规模纳税人实行简易计税办法计税，所以不能抵扣进项税额；
2、贵公司为一般纳税人，但是万元工程款未取得增值税专用发票；
3、贵公司为一般纳税人，但是万元工程款用于简易计税项目，按照营改增36号文件的相关规定，一般纳税人从事老项目、甲供工程、清包工工程可以选择简易计税办法，其中老项目是指《建筑工程施工许可证》注明的合同开工日期在年4月30日前的建筑工程项目；《建筑工程施工许可证》未注明合同开工日期，但建筑工程承包合同注明的开工日期在年4月30日前的建筑工程项目；未取得《建筑工程施工许可证》的，建筑工程承包合同注明的开工日期在年4月30日前的建筑工程项目。
3、贵公司为一般纳税人，但是万元工程款是免征增值税项目、集体福利或者个人消费，比如用于专门为员工建的食堂、澡堂等；
4、贵公司为一般纳税人，如果支付的万元工程款中发生了非正常损失的，损失部分也不得抵扣，应当做进项税额转出处理。
二、可以抵扣的情形
贵公司为一般纳税人，工程项目为一般计税，未专门用于免征增值税项目、集体福利或者个人消费，也未发生非正常损失时，下列进项可以抵扣：
1、材料款
建筑工程中的材料款一般占工程款总额的60%左右，咱们暂以60万元计算：
①对方为小规模纳税人
因小规模纳税人按3%的征收率计算缴纳增值税，所以，即使取得了对方代开的增值税专用发票，也只能抵扣进项税额60/(1+3%）*3%=1.75万元；
②对方为一般纳税人
如果购进取得增值税专用发票，比如：钢材、水泥、管材、电线、电缆、油漆、涂料、瓷砖等，税率为13%，可以抵扣的进项税额为60/(1+13%)*13%=6.9万元。
另外请注意，商品混凝土行业比较特殊，有专门文件规定，该类企业可以选择简易计税办法，征收率为3%。
2、劳务费
万元的工程款去掉60万元的材料，那劳务费就是40万元了：
①对方为小规模纳税人
同样，小规模纳税人劳务费也是按3%的征收率计算缴纳增值税，取得专票可以抵扣进项税额40/(1+3%）*3%=1.17万元。
另外请注意，如果劳务费是支付给劳务派遣公司的，劳务派遣公司一般选择简易计税办法，征收率为3%，取得专票可抵进项40/(1+3%)*3%=1.17万元
②对方为一般纳税人
按照规定，一般纳税人提供建筑劳务，按现行增值税税率9%，可以抵扣的进项税额40/(1+9%)*9%=3.3万元
③对方为自己公司内部员工
这种情况下，直接以工资形式发放给内部员工，属于本单位职工提供的服务，是不允许抵扣增值税进行税额的。
综上所述，万元的工程款中的材料款和劳务费能不能抵扣以及如何抵扣，要根据具体情况分别对待！
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很多老板一心放在经营上没有时间认真研究，也无法给财务人员下达明确的指令，导致财务，账务，税务混乱。
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